Статья посвящена проблемам межбюджетного и межведомственного взаимодействия при финансировании проектной деятельности, связанной с осуществлением капитальных вложений. Особое внимание уделено оценке факторов, влияющих на объемы проектных расходов бюджетов всех уровней и внебюджетных источников, соблюдение сроков достижения контрольных точек и результатов мероприятий проектов при осуществлении капитальных вложений. Цель настоящего исследования – выявление актуальных проблем механизма финансирования капитальных вложений в рамках федеральных и региональных проектов на различных уровнях управления и разработка рекомендаций по их преодолению. Авторами выявлены и систематизированы ключевые проблемы реализации федеральных и региональных проектов при финансировании капитальных вложений, проведен анализ их причин и последствий на примерах отдельных проектов, в том числе непроработанность регулирующих нормативно-правовых документов в области проектного финансирования бюджетных расходов; низкое качество подготовки проектно-сметной документации; несовершенство процедуры определения поставщика (подрядчика, исполнителя), а также недобросовестное исполнение им взятых на себя обязательств по контракту. Отдельное внимание уделено проблемам недостаточности финансового обеспечения капитальных вложений, неточности расчетов объемов их финансирования, рассогласованию сроков достижения контрольных точек мероприятий проекта. В результате исследования сформулированы и обоснованы практические рекомендации по повышению роли и расширению полномочий муниципальных образований как участников проектной деятельности, совершенствованию процедур подготовки проектной документации, модернизации и созданию новых информационных систем в сфере проектной деятельности органов власти, разработке типовых положений взаимодействия уполномоченных органов и других участников закупочной деятельности, управлению рисками возникновения обстоятельств, не зависящих от заказчиков и исполнителей контрактов. Предложенные рекомендации будут способствовать более эффективному планированию бюджетных ассигнований при формировании федеральных и региональных проектов, сокращению сроков реализации мероприятий по возведению объектов капитального строительства, оперативному отслеживанию хода осуществления капитальных вложений, минимизации рисков непредвиденных затрат консолидированных бюджетов субъектов Российской Федерации.